Chùa bắt đầu có từ thời nhà Lý và được xây dựng lại dưới triều vua Lê Dụ Tông. Hiện nay khu di tích chùa Bổ Đà gồm rất nhiều hạng mục lớn nhỏ trong đó có 4 hạng mục chính, đó là Chùa Cao, am Tam Đức, Chùa Tứ Ân, Vườn Tháp.

Khu di tích chùa Bổ Đà có kiến trúc độc đáo và khác biệt so với các ngôi chùa truyền thống ở miền Bắc Việt Nam. Đó là lối kiến trúc ‘‘nội thông ngoại bế”, được bao bọc bởi hệ thống rặng tre xanh tốt và hệ thống tường trình đất như một chiến lũy bảo vệ vững chắc, tạo nên vẻ u tịch, linh thiêng...  

Vườn tháp chùa Bổ Đà là một trong những vườn tháp đẹp và lớn nhất trong cả nước, gồm 110 ngôi tháp và mộ lớn nhỏ khác nhau. Các ngôi tháp mộ được xếp đặt theo những quy định riêng rất chặt chẽ của thiền môn.

Chùa được xây dựng bằng các vật liệu như gạch nung, ngói, tiểu sành…           

Kiến trúc của chùa gồm gần một trăm gian liên hoàn được xây dựng bằng các vật liệu truyền thống.

Bộ mộc bản cổ - bảo vật quốc gia được lưu giữ ở khu hậu viện của chùa.         

Chùa Bổ Đà là một danh lam cổ tự nổi tiếng của vùng Kinh Bắc xưa nay. Tường bao được làm bằng đất rất độc đáo.