Từ thời nguyên thủy, trong quá trình lao động, sản xuất, đấu tranh với thiên nhiên, con người đã phải tự tìm thức ăn, thức uống để sinh tồn. Khi gặp phải cây cỏ có chất độc hoặc có tính giải độc, họ ăn vào thấy khỏe mạnh, dần dần có nhận thức phân biệt, tích lũy kinh nghiệm, lợi dụng những tính chất đó nghiên cứu phương pháp chữa bệnh. Về sau, dựa trên cơ sở đó, cổ nhân đã có sự tổng hợp và đặt nền tảng cho lý luận Đông y. Trải qua lịch sử hình thành và phát triển, lý luận đó không ngừng hoàn thiện và có giá trị ứng dụng cao trong thực tiễn cuộc sống.

Các nhà nghiên cứu cho rằng Thần Nông bản thảo kinh là một bản tổng hợp các truyền thống truyền miệng, được viết trong khoảng năm 200 đến 250 TCN. Văn bản gốc không còn tồn tại nhưng được cho là gồm ba tập chứa 365 mục về thuốc và mô tả của chúng.
Theo truyền thuyết, người ta tin rằng, vua Thần Nông 1 ngày nếm 100 cây cỏ để tìm thuốc chữa bệnh, có khi ngộ độc đến 70 lần. Từ đó soạn ra sách Thần Nông bản thảo kinh.

Trong bộ sách này có ghi chép tất cả 365 vị thuốc, được xem là bộ sách cổ nhất của Đông y. Cuốn sách có thứ tự thành hệ thống, tổng luận, quy nạp 13 lý luận Dược học, bao gồm 3 phần: Phần thượng phẩm tổng cộng có 120 loại thuốc quý, là thảo dược không độc, chủ yếu nuôi dưỡng cơ thể, có công dụng chính là bồi bổ cơ thể, tăng cường sức khỏe, dùng nhiều không có hại. Ví dụ như: Nhân sâm, địa hoàng, cam thảo, đại táo, hoa cúc... Phần trung phẩm có tổng cộng 120 loại thuốc quý, có thể làm thần dược, dược phẩm không độc hoặc có độc, chủ về bổ dưỡng, trong đó có vị bổ hư, bồi bổ cơ thể, như: long nhãn, đương quy, bách hợp, lộc nhĩ... Phần hạ phẩm có tổng cộng 125 loại tá sứ dược, đa số có độc, không thể dùng lâu dài, chủ trị các bệnh do hàn nhiệt tích tụ. Các loại thuốc được giới thiệu như: phụ tử, đại hoàng, cam toại, ba đậu, bạch cập, bạch liềm... 

Bên cạnh đó, mỗi vị thuốc được giới thiệu có hình ảnh minh họa, sơ đồ chủ trị và phần giải thích tên gọi cụ thể, giúp độc giả nắm vững nguồn gốc xuất xứ, công dụng chủ trị bệnh tật, từ đó nâng cao kiến thức hiểu biết về các vị thuốc Đông y để ứng dụng vào cuộc sống thường ngày.

Thần Nông bản thảo kinh là tác phẩm có tầm quan trọng bậc nhất trong việc phân loại thuốc của nền y học cổ truyền. Nội dung của Thần Nông bản thảo kinh còn có giá trị vượt quá phạm vi dược vật học vì nó cung cấp rất nhiều thông tin đa dạng khác về sinh vật học, địa lý học, khoáng vật học và cả các phương thuốc trị liệu cần tham khảo.