Trong đó có 4 nhóm vấn đề còn tồn tại trong thực hiện Đề án 06 tại các bộ, ngành, địa phương được chỉ ra, bao gồm: pháp lý, hạ tầng công nghệ, dịch vụ công, nguồn lực triển khai Đề án.

Cụ thể, về pháp lý, nhiều bộ, ngành chưa hoàn thành việc đơn giản hóa thủ tục hành chính, giấy tờ liên quan đến quản lý dân cư. Việc rà soát sửa đổi các văn bản dưới nghị định còn chậm, chưa công bố để các địa phương thực hiện. Các địa phương chưa chủ động tái cấu trúc theo thẩm quyền thủ tục hành chính. Việc rà soát đề xuất chủ trương miễn, giảm phí, lệ phí dịch vụ công trực tuyến chưa hiệu quả…

Về hạ tầng công nghệ thông tin, cấp bộ chậm thực hiện theo các hướng dẫn về chuyển đổi số, về an ninh an toàn thông tin. Hệ thống thông tin chưa được liên kết đồng bộ, tổng thể, nhiều đơn vị còn có hệ thống phân tán; mức độ sẵn sàng ứng dụng công nghệ thông tin không đồng đều. An ninh an toàn thông tin chưa được quan tâm đúng mức, chưa ban hành quy trình, quy chế để quản lý khai thác và bảo mật thông tin.

Về dịch vụ công trực tuyến còn nhiều thủ tục hành chính chưa thực hiện chuyển đổi quy trình, thực hiện thủ tục hành chính, dịch vụ công từ phương thức truyền thống sang môi trường điện tử. Về nguồn lực, việc ưu tiên vốn đầu tư công để thực hiện các nhiệm vụ của Chuyển đổi số và Đề án 06 chưa được quan tâm đúng mức... 

Theo đó, Thủ tướng Chính phủ đã đề nghị các bộ, ngành, địa phương tiếp tục quan tâm, chỉ đạo để hoàn thành dứt điểm những nhiệm vụ được Thủ tướng Chính phủ giao, giúp tháo gỡ kịp thời những điểm "nghẽn" nêu trên.

Với tinh thần chính của Đề án 06 là tất cả vì lợi ích quốc gia, dân tộc và quyền lợi của người dân, lấy người dân và doanh nghiệp là trung tâm, các sở, ban, ngành, địa phương cũng cần quán triệt tinh thần và tập trung tháo gỡ những điểm "nghẽn", để đảm bảo lộ trình triển khai thực hiện Đề án 06, góp phần đẩy nhanh thực hiện chương trình Chuyển đổi số quốc gia.